O Laboratório Municipal de Joaçaba está localizado na Secretaria de Saúde, na Avenida XV de Novembro. Conta com equipamentos modernos, uma equipe capacitada e está em constante atualização. São seis servidores efetivos, sendo dois farmacêuticos bioquímicos, duas técnicas de enfermagem, um técnico de laboratório e um técnico administrativo.

Desde outubro de 2018, o Laboratório Municipal implantou um novo sistema informatizado, o que proporcionou uma melhora no atendimento ao paciente, dando mais agilidade para o resultado dos exames. Hoje o paciente que procura a unidade de saúde, já tem os seus exames agendados na hora e recebe toda a orientação necessária para a coleta. O resultado é disponibilizado na internet diretamente para a unidade de saúde, assim quando o paciente retorna para a consulta, seus exames estão disponíveis para o médico.

Com o novo sistema, o Laboratório Municipal passou de 40 para 60, o número de atendimentos diários, ultrapassando mais de 1.200 pacientes ao mês. Entre janeiro a julho de 2019, foram realizados cerca de 44 mil exames. O laboratório disponibiliza aos médicos e usuários das unidades de saúde cerca de 50 tipos de exames. Desde os exames mais básicos como hemograma, glicose, colesterol, parcial de urina, até exames de coagulação e eletrólitos.

Além do atendimento de coleta realizado diariamente no Laboratório Municipal, quando solicitado pela unidade de saúde, os pacientes acamados ou com dificuldade de locomoção recebem atendimento domiciliar.

O Laboratório Municipal vem evoluindo constantemente, atualizando os funcionários e modernizando os equipamentos para oferecer um serviço de qualidade aos seus usuários. O horário de funcionamento é das 6h30 às 11h30 e das 13h às 17h, sendo que o horário de coleta é das 6h30 às 08h30.